Leitsymptom ist der Unterbauchschmerz. Meist ist er zyklusabhängig und verstärkt während der Periodenblutung (Dysmenorrhoe). Je nach Lokalisation kann sich Endometriose aber auch als Schmerzen beim Geschlechtsverkehr, bei der gynäkologischen Untersuchung oder beim Stuhlgang bemerkbar machen.
Wichtige Hinweise auf Endometriose liefern eine gezielte gynäkologische Untersuchung, Zysten sowie die Krankengeschichte (Anamnese). Die endgültige Diagnose kann nur durch eine Bauchspiegelung gestellt werden sowie durch eine feingewebliche (histologische) Untersuchung der Herde.